Trường Tiểu học Hải Yên được chính thức thành lập từ năm 1998, trên cơ sở tách ra từ trường phổ thông cơ sở Hải Yên với tổng diện tích là 15.077m². Hiện nay, trường gồm 4 điểm trường, các điểm trường cách xa nhau từ 3 đến 4km, tạo điều kiện thuận lợi cho học sinh đến trường.

Từ khi được thành lập, nhà trường đã phấn đấu xây dựng theo các tiêu chí trường tiểu học đạt chuẩn Quốc gia. Với sự cố gắng phấn đấu của tập thể thầy và trò nhà trường, năm 2003 trường vinh dự được công nhận “Trường tiểu học đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1”.

Trong những năm qua, với sự quan tâm sâu sắc của lãnh đạo Đảng, Chính quyền, đoàn thể các cấp; sự chỉ đạo sát sao của Phòng Giáo dục và Đào tạo thành phố Móng Cái cùng sự đồng thuận, hỗ trợ lớn lao cả về vật chất lẫn tinh thần từ các tổ chức xã hội, các tầng lớp nhân dân và Hội cha mẹ học sinh, trường tiểu học Hải Yên đã tích cực phấn đấu về mọi mặt, giữ vững được các tiêu chuẩn của trường tiểu học đạt chuẩn quốc gia mức độ 1 mà Bộ Giáo dục và Đào tạo đã quy định. Đặc biệt trong năm 2012, nhà trường đã được đầu tư xây dựng thêm 3 phòng học và 3 phòng chức năng, cơ sở vật chất nhà trường ngày càng khang trang đáp ứng được nhu cầu dạy và học.

Với sự quyết tâm phấn đấu của thầy và trò nhà trường, trong những năm qua, nhà trường đã đạt được những thành tích cao trong các phong trào thi đua: Chi bộ đạt danh hiệu trong sạch vững mạnh; trường đạt danh hiệu tập thể lao động xuất sắc; Công đoàn trong sạch vững mạnh; Chi đoàn mạnh xuất sắc; Liên đội xuất sắc cấp tỉnh.